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Looking for expertise in spatial analysis?

We provide flexible expert statistical and geo-spatial guidance for scientific teams and governmental agencies.


Consulting services
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We have developed analytic processes and brought reliable and understandable evaluations on issues ranging from controlling deadly diseases to primary care access. Working for major actors such as the City of Philadelphia, PA, United States, or the Regional Ministry of Health in Areaquipa, Peru SpatialControl has produced a variety of deliverables, from reports to interactive websites.

Academic research
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Our team leader is currently a research faculty at the Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), in France. Prior to this position he was a researcher for four years at the Perelman school of Medicine at the University of Pennsylvania. This prior work has led to over 10 academic papers in leading statistical and medical journals, gathering over 150 citations by academic pears.

Technical expertise
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The ability to implement multiple analytic techniques using several programming languages allows SpatialControl to imagine deliverables tailored for your needs. With over 10 years of experience in scientific calculus and expertise we insure optimal reliability, flexibility, reproducibility and development speed for our projects.

Human lead climate change didn’t start yesterday

… or even 200 years ago but more likely 5000 years ago !

 

Science reliability

Science has an issue with reliability. How much are we in trouble?

One striking example: after the US National Heart, Lung and Blood Institute required researchers to pre-register their studies, the proportion of studies finding positive results declined from 57 per cent to 8 per cent. (From an article on RCT in social sciences).

Human power and responsability

There is no natural environment. Or at least so little left. Most of what you think about is not untouched nature. Apples have tremendously changed, selected by the human hand. Same for wheat, cows, … So little we eat is untouched nature. Same for the landscape. A park isn’t. Most forests aren’t, including much of the Amazon Forest. Whether you like it or not we shaped the world in so many ways, but so little compared to what plant did: those folks, together with a bunch of microorganisms created dirt and made the atmosphere oxygen rich!
Life thrive on those telluric transformations. But we also invented concrete and dragging nets. And life is having a set back. Sure we are part of life and currently a decisive change force. It is on our shoulders to take the fabulous adventure of life to new heights or to empty it. Bit by bit.

Les différentes formes d’économies et leur interdépendance

Les différentes formes d’économies et leur interdépendance

Certains s’interrogent régulièrement sur la pertinence de l’économie de marché, sur la marchandisation du monde par ailleurs d’autres tels que Jean-François Revel prétendent qu’il n’y en a pas d’autre. Comme proposé dans le billet précédent, je définirais ici l’économie et les différentes formes qu’elle peut prendre.

Economie et formes d’échanges

L’économie c’est la manière d’attribuer des ressources limitées entre les différents acteurs de la société. Une économie se définit donc naturellement par qui décide des  transferts de bien. De ce point de vue, 4 et seulement 4 type de transferts sont possibles : le don (décidé par le donneur), le vol (décidé par le voleur), le transfert dicté par un tiers (tel que l’état ou un parent entre deux enfants) et le marché : échange pour une contrepartie librement fixé par un vendeur et un acheteur. Cette contrepartie est définie par le prix d’achat, librement proposé par le vendeur et validé par le vendeur lors de l’achat.

Ces quatre formes d’échanges, élargies à tout un domaine deviennent des systèmes économiques, l’économie du don est très importante en France au sein de la famille et du monde associatif, l’économie du vol correspond à ce que j’appellerai la loi de la jungle, le transfert dicté par un tiers correspond à l’économie planifiée par un agent dominant (typiquement par le gouvernement comme dans les pays communistes du XXème siècle), enfin, l‘économie de marché qui règle une grande partie des transferts de biens dans nos sociétés.

On peut raisonnablement considérer que ces 4 formes d’échanges sont pratiquées dans toutes les sociétés depuis que l’homme est homme et il est difficile dans l’absolu de dire à priori que l’une de ces formes d’échange est fondamentalement meilleure que les autres. On imagine difficilement une famille nucléaire purement réglée par l’économie de marché. L’échange dicté par un tiers est fondamental à l’exercice de la justice, l’impôt étant une manifestation essentielle de l’économie planifiée : l’état imposant à chacun de donner de l’argent aux juges, policiers, militaires mais aussi cantonniers et autres fournisseurs de services publiques. Imaginer que tout puisse être réglé par ces trois premières formes d’échange et se passer de l’économie de marché est un thème récurrent de la politique et c’est là que le recours à l’histoire est utile, les sociétés où l’économie de marché étaient réduite à la portion congrue n’ont pas manqué dans l’histoire du monde, l’URSS étaient extrêmement planifiée : l’information sur les besoins et les ressources remontait à un pouvoir central qui déterminait des quotas d’allocations et de productions pour tout le monde.

La nécessité de l’économie de marché

De manière systématique dans l’histoire, le remplacement de la planification par le marché a conduit à un accroissement de la richesse de tous les derniers exemples en sont la Chine, l’Inde et la Russie. Auparavant, les sociétés féodales européennes ont vu leur prospérité augmenter drastiquement alors que le pouvoir des nobles a été largement remplacé par l’économie marchande de la renaissance au premier empire. Dans tous ces cas le verdict est sans appel, l’augmentation de la prospérité des pays est directement liée à l’augmentation de la part de l’économie de marché dans leur économie. L’exemple de la Russie montre qu’il ne faut pas confondre la simple augmentation du libéralisme et la croissance de l’économie de marché. La Russie a bien vu une libéralisation impressionnante de son économie mais dans un contexte où la faiblesse de la justice favorise avec l’augmentation de la liberté autant l’économie de marché que la loi de la jungle. En particulier la faiblesse de la justice par rapport au pouvoir exécutif permet à M. Poutine d’exercer sa loi impunément en Russie au travers même de l’appareil d’état.

Qu’est-ce qui fait donc le succès de l’économie de marché : en un mot, la circulation de l’information, comme identifié dès le début du XXème siècle par le prix Nobel d’économie Friedrich Hayek. La grande difficulté de l’économie planifiée c’est de connaître à l’avance les besoins de chacun, plus le système est grand, plus la planification est difficile non seulement parce que le bazar à organiser est important mais surtout parce que il faut faire remonter l’information au centre planificateur. Ce travail titanesque occupait des milliers de fonctionnaires en Russie ou en Chine pour déterminer jusqu’aux productions de chaussures et de pain, de manière extrêmement inefficace : de manière récurrente les piles de chaussures qui ne trouvaient pas preneur s’accumulaient alors que des denrées alimentaires manquaient cruellement ou réciproquement. Le marché basé sur les prix librement consenti remplace avantageusement ce système complexe : le travail de détermination des priorités est réalisé par les ensembles d’acheteurs prêts à augmenter les prix qu’ils sont prêts à payer reflétant ainsi la nécessité qu’ils ont d’un produit, les vendeurs pouvant au contraire être prêt à baisser leurs prix quand l’approvisionnement est abondant ou leur efficacité augmente. Ainsi Alan Greenspan rapporte dans le temps des turbulences qu’il s’est entretenu avec un “régulateur de marché” chinois qui se réjouissait de voir son travail considérablement allégé lors de la libéralisation de son marché. Auparavant il recevait très tôt le matin toutes les demandes et toutes les offres et déterminait l’ensemble des échanges qui devaient avoir lieu, un travail énorme disparu lors du passage à l’utilisation de prix pour ce type de marchés en Chine, ne lui laissant plus que des fonctions de police. C’est la leçon centrale qu’il ne faudra jamais oublier lors de nos prochains raisonnements : l’économie de marché est efficace parce que le prix transmet l’information sur l’équilibre entre offre et demande. Toute contrainte sur les prix fausse l’information transmise et ainsi diminue l’efficacité de l’économie de marché. Une contrainte forte peut être l’absence de monnaie qui limite dans l’économie de troc le prix à des biens qui puissent être échangés directement ce qui rend la transmission beaucoup moins fluide et donc beaucoup moins efficace.

Pourquoi le prix est-il si efficace ? Parce qu’on peut globalement compter sur les gens pour arbitrer entre leurs différents besoins, c’est à dire à tirer un profit maximum, qu’il soit matériel ou pas (temps, indépendance, valeurs, …).

Interdépendance des formes d’échange

L’économie de marché doit-elle donc tout diriger, ou comme la question est à tort formulé dans les médias : “Faut-il laisser libre court à un libéralisme économique débridé” ? Le libéralisme économique c’est une philosophie héritée des lumières qui suppose que plus les acteurs sont libres mieux les choses se passent. On voit tout de suite le lien avec l’économie de marché: il faut des prix libres donc l’économie de marché serait libérale. C’est oublier que pour que les gens soient libres de fixer les prix il faut aussi qu’ils soient garantis de ne pas se faire voler par un plus fort qu’eux ce qui est la deuxième base de l’économie de marché : l’état de droit qui s’oppose à la loi de la jungle vers laquelle tendrait un libéralisme absolu. L’économie de marché a besoin essentiellement d’une loi qui protège la propriété privée, qui soit stable et appliquée.

Or seul l’impôt et donc une certaine planification de l’économie permet une justice et une police indépendantes pouvant exercer cette justice comme identifié dès l’origine par Adam Smith. On peut ainsi dire qu’économie planifiée et économie de marché ne peuvent aller l’une sans l’autre, la première garantissant le respect de la propriété privé (sans parler des autres bénéfices des impôts pour les entreprises comme pour les individus) et la deuxième apportant son efficacité dans la transmission de l’information de rareté pour une distribution optimale des biens. On peut aussi argumenter que le don est nécessaire au maintien de l’espèce humaine tant que tout le monde ne naîtra pas dans une éprouvette-couveuse, sans parler des besoins d’ordre spirituel si comme beaucoup peuvent en témoigner il y a plus de bonheur à donner qu’à recevoir. Il est même possible d’argumenter que le vol ait une valeur redistributive à la Robin des bois lorsque les autres formes d’échange sont en faillite, la tolérance d’un certain niveau de vol est du moins un mal nécessaire pour éviter d’allouer de trop grandes ressources à son contrôle.

Ainsi la coexistence de ces quatre formes d’échanges dans une société est inévitable et, à l’exception sans doute du vol, ces différentes formes d’économies sont nécessaires, l’économie du don apporte la vie, l’économie planifiée apporte la justice et l’économie de marché apporte l’efficacité. Bien sûr, d’autres classifications de formes d’économies non basées sur qui décide du transfert peuvent être utilisées, notamment en distinguant les différentes sphères d’application (économie domestique, économie internationale, …). Mais nous verrons par la suite

Ces bases étant posées je vous propose d’aborder le problème central de la place de l’État dans l’économie de marché, au delà de l’application du respect de la loi et notamment de la propriété privée.


Notons tout de même que l’économie souterraine et notamment le marché noir est un cas où privé de l’état et notamment de la justice de l’état un semblant d’économie de marché peut se développer.

Introduction à la série de billets sur l’économie

L’opposition droite-gauche se caractérise de manière croissante en France par une guerre de tranchée médiatique entre tenant du libéralisme et anti-capitalistes. Les uns pronant farouchement un recul de l’état dans tous les domaines, les autres rejetant en bloc le capitalisme comme la source de tous nos maux. Cette opposition manichéenne se fonde essentiellement d’après moi sur l’illétrisme économique (et historique) français et peut-être occidental, j’ai moi même pris conscience de mon propre niveau d’ignorance à la lecture de deux livres. Je recommande chaudement le premier : Le temps des turbulences d’Alan Greenspan qui fut président de la banque centrale des Etats-Unis pendant près de 20 ans. Je recommande moins chaudement le deuxième, Basic Economics par Thomas Sowell, écrivain en économie qui a enseigné dans de nombreuses université. Si ce dernier livre a le mérite de poser clairement les bases il a aussi parfois un parti pris philosophique libéral qui limite son approche objective des faits, de plus il se répète énormément.

Dans les billets suivants, je commencerai par définir ce qu’est une économie et les différentes formes qu’elle peut prendre, clés indispensables pour ne pas se faire balader par l’utilisation interchangeable dans les médias d’économie de marché, de libéralisme et de capitalisme. Nous verons ainsi que l’économie de marché n’est qu’un des modes d’échanges, peut-être pas le plus répandu d’ailleurs, et que ces différents modes d’échanges dépendent intimement les uns des autres de sorte que le grand problème économique c’est la place que l’on doit donner à chacun de ces modes d’échanges. Nous nous intéresserons ensuite à la place de l’État dans l’économie, à travers les problèmes de santé humaine et environnementale, de la gestion des monopoles, nous nous interesserons aussi à la place des sociétés et au problème de la transmission du capitale (héritage). Les rôles de l’argent, des dettes et des banques sont autant de sujets qui pourraient aussi alimenter mes billets.

Ces notes seront autant que possible basées sur les réussites et limites observées historiquement et qui fournissent au raisonnement économique une assise franche et peu discutable pour peu que l’on accepte de s’en tenir aux faits laissant de côté nos idéologies. Je soutiens que ce raisonnement peut guider les choix politiques de manière sûre pour de nombreux choix de politique économique même si l’analyse d’autres politiques peut être ambigüe (et peut-être ne doit-on pas alors attendre d’effet clair et net sur l’économie). Dans tous les cas, j’appellerais à ne pas rejeter les bases du raisonnement sur la simple base des erreurs du passé : l’erreur dans le raisonnement est humaine mais n’implique pas qu’il faille en rejeter les bases. Au contraire, les erreurs passées et la comparaison de différents systèmes économiques comtemporains peuvent dans bien des cas guider nos choix aujourd’hui.

Que vous souhaitiez ou non poursuivre l’exploration de la science économique au delà de ces pages, j’espère vous donner succintement les clés pour analyser telle ou telle décision de politique économique, clés que j’aimerais voir enseigner dans les écoles du monde entier et que j’espère du moins transmettre par ces billets à mes enfants. Voyons d’abord que l’économie de marché n’est pas la seule possible 🙂

meld et dcast

Le reformatage de tables de données est une activité importante lors de la modélisation de grands jeux de données. Pour cela, mes dernières découvertes sont meld et dcast du package R reshape2 qui permettent de passer de données du format “large” au format “long” et réciproquement, éventuellement en synthétisant des lignes. Voir ici pour une visualisation rapide.

L’idée générale est de différencier trois types d’informations: les informations de référence permettant d’identifier l’individu statistique, les informations de mesure permettant d’identifier différentes mesures réalisées sur chaque individu et les valeurs mesurées elles-mêmes. Les individus correspondent toujours à plusieurs lignes mais les informations de type de mesure peuvent être données soit par différents niveaux dans une colonne + une colonne avec les valeurs de mesure pour toutes les mesures (type de données “long”), soit un titre de colonne par mesure et les mesures correspondantes dans chaque colonne (type de données “large”).

Les transports en commun sont une chance aussi pour ceux qui ne les utilisent pas !

En dehors de mes heures de travail je m’intéresse beaucoup, et depuis plus de 10 ans, à l’économie et plus particulièrement à la gestion de nos ressources énergétiques et de l’environnement. Conscient de quelques ordres de grandeurs je suis profondément choqué par l’atmosphère politico-sociale actuelle qui tend à considérer que les transports en commun, et en particulier le train, devraient être rentable. C’est une idée relativement nouvelle et complétement absurde parceque tout le monde bénéficie des transports en commun y compris, et peut-être surtout, ceux qui ne les utilisent pas ! Exiger des transports publics qu’ils soient rentables serait à la fois injuste et dévastateur pour tous. Au contraire, renforcer leur accessibilité et leur utilisation est une formidable chance, il en découle quelques mesures pratiques qui devraient s’imposer (ou que nous devrions imposer) au gouvernement actuel.

Tout d’abord, demander au train d’être rentable, en comptant dans le bilan le coût des voies, serait profondément injuste étant donné que les routes sont mises à disposition gratuitement alors qu’elles ont coûté de l’ordre de 15 milliards par an sur les 25 dernières années soit 250 euros par an et pour chacun des 60 millions de français. A comparer aux 3 milliards par an sur la même période pour les voies ferrées, soit 50€ par an et par français. Bien sûr, le train représente 1/5 des dépenses d’infrastructures pour 1/10 des kilomètres parcourus soit de l’ordre de 2 fois plus cher par kilomètre parcouru, mais quel est son impact sur notre santé, notre productivité et l’environnement ?

Ensuite, le train est extrêmement sûr : 67 morts en 18 ans dont plusieurs liés en fait à des dysfonctionnements de la circulation automobile … A comparer avec les 500 000 morts depuis 1945 en France sur les routes (l’équivalent du bilan de la 2de guerre mondiale). Bien sûr la sécurité routière s’est améliorée depuis 1945 mais 3 477 morts en 2016 font tout de même 100 fois plus de morts par kilomètre parcouru. Sachant qu’un bon quart des accidents mortels implique des piétions, privilégier le train est très clairement une question de sécurité publique !

Par ailleurs, ce n’est un secret pour personne, les voitures polluent, beaucoup. Et les transports en commun diminuent cette pollution de manière très importante comme le démontre par exemple le doublement de la pollution à Barcelone lors d’une grève de métro bien suivie. Et la pollution de l’air tue, beaucoup plus encore que les accidents de la route : 3 millions de morts prématurées dans le monde par an d’après l’OMS, 48 000 par an chaque année en France et c’est sans parler des multiples maladies respiratoires et même de la baisse des facultés intellectuelles et donc de la productivité si chère à nos élites. Privilégier le train est donc non seulement une question de sécurité publique mais aussi de santé publique à l’échelle nationale comme à l’échelle mondiale.

A l’échelle mondiale justement, le grand problème, on ne le répétera jamais assez c’est le réchauffement climatique qui est déjà bien amorcé : nous sommes bien en route pour nous prendre 4°C dans la tête, ce qui parle tout de suite plus si on se dit que 7°C dans l’autre sens c’était les dernières grandes glaciations avec il y a 150 000 ans le nord de l’Allemagne pris dans la calotte glaciaire et on pouvait traverser la manche à pied. Inversement si les glaces polaires fondent on peut se prendre (pas tout de suite mais à termes) plus de 70 m d’augmentation du niveau de la mer et pour rappel, le parvis de Notre-Dame de Paris est à 35 m d’altitude et Londres à 11m. Ce n’est donc pas que le Bengladesh qui pourrait être touché. Entre les déplacements de population et les troubles virant plus ou moins aux guerres, on risque d’exploser tous les compteurs déjà cités de nombre de morts … Et là encore la comparaison route/train est sans appel : pour un trajet de 20km domicile-travail c’est 10 fois moins d’émissions de CO2 en RER ou en métro qu’en voiture, et encore moins en tram.

Alors, automobilistes chéris, si tout cela ne vous suffit pas, pensez encore que des transports en commun de qualité, ça décongestionne en tout cas vos chères routes, la preuve les jours de grève. Alors demandons, exigeons de nos gouvernements à tous les niveaux de continuer à favoriser ces transports ferroviaires. En particulier la dette de la SNCF portant sur des infrastructures, largement décidées par les politiques de tous bords qui en ont (très justement) décidés ces dernières décennies, doit être reprise par l’État sans conditions pour préserver et encore favoriser cet incroyable service public que constitue la SNCF !

libPath in R fucked up

In case of libPath not working correctly, something like that should do the trick:

mkdir -p ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4

And add in ~/.Renviron

R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’}

Remote graphics on linux server

So you have a great ubuntu server running somewhere and you want to display graphics from the server?

Visualize the current user desktop

That is actually really easy through VNC in ubuntu:

  1. On the server use Desktop sharing (simply enter “Desktop sharing” in the Dash)
    1. click on “Allow users to see your desktop”
    2. click on “Require … password” and set a password
    3. Give the ip address (click on the screen icon at the top of your screen to see it) and the password to the person
  2. On the (ubuntu) client
    1. start “Remote desktop viewer”
    2. select VNC protocol, enter IP address
  3. User on the server need to accept the connection

All set! I used these more complete instructions.

Open an independant graphic session

The problem with the vnc approach is that you cannot have two different users on the same server at the same time.
The best option I found for now is to use xRDP, the windows protocol. The set up is very well described here. Hereafter a short summary.

Server set up

It requires to install xrdp and xfce4 on the server, It’s quick, don’t worry:
sudo apt-get install xrdp xfce4

Then for each user allowed to connect simply run users terminal:
echo xfce4-session >~/.xsession

When done for all users, restart xrdp:
sudo service xrdp restart

Then give the ip to the users, you can get it in the terminal with hostname -I.

Client connection

  •  Windows: simply open “Desktop client”, enter your ip address and user name on the ubuntu machine
  • Ubuntu: I recommand installing Remmina
    • Be sure to choose “RDP” protocol, enter IP and linux user name
    • play with the options to make sure you have the best possible experience with your network
  • RDP should work ok under mac but I didn’t test it (yet)
    • Install from the mac app store
    • start it and enter IP and linux user name
    • Works ok but for non qwerty keyboard that are not correctly recognized

With a ubuntu client this is the best experience I had (careful though, if the user is already connected graphically, some softwares may not like to be relaunched, firefox typically doesn’t like it).

Just launch graphic application through ssh (slow)

If nothing else is possible, you can always to simple X11 forwarding under ssh, but it’s slow.

Specific linux client

None.

Specific mac client

You need to first install XQuartz
Then open XQuartz.app, and in the terminal follow intructions for all clients.

Specific windows client

Install putty, and enable X11 Forwarding

All clients

In the terminal:
ssh -X myserver
Then you can test xdisplay with
xclock
You can even launch a file explorer:
nautilus
It’s real slow for the set up but then file exploration is ok.
This solution still is really slow (try for example plotting complex graphics in R…

Are we more bacteria than human ?

Didn’t you have this discussion with your scientific minded friends: so many bacteria in your intestine, on your skin etc. that actually you may be more bacteria than human? I sure had this discussion with two Ivy League university professors who were 100% sure there was more bacteria than human DNA in the typical 70kg man.

So what are the orders of magnitude?

A recently published PNAS article sets the records straight:

  1. There are slightly (<3%) more bacteria than human cells in a human body
  2. Their total mass is 350 times less than that of human cells

That implies that total DNA content is about 1000 times less than total human DNA as the number of cells is about the same and the human genome at ~3 billion base pair is 1000 times the typical bacterial genome size.

Of course that’s without counting mitochondria which might be considered as endosymbiotic bacteria.

So sure, bacteria in a human body are important, but not completely overwhelming our “own” genetic information 🙂